Program Studi Fisioterapi UNISA Yogyakarta menerapkan sistem pembelajaran berbasis blok (block system) yang terstruktur, integratif, dan berorientasi pada capaian kompetensi. Setiap blok dirancang untuk mengintegrasikan aspek teori, keterampilan klinis, penalaran ilmiah, serta sikap profesional dalam satu kesatuan pembelajaran yang sistematis.

1. Kuliah Teori
   Pembelajaran teori diberikan untuk memperkuat landasan ilmu biomedik, ilmu gerak (Human Movement System), ilmu klinis, serta pendekatan rehabilitasi berbasis evidence-based practice. Mahasiswa dilatih memahami konsep secara mendalam dan analitis, bukan sekadar menghafal.
2. Skill Laboratory (Skillab)
   Skill lab merupakan pembelajaran praktik terstruktur untuk mengasah keterampilan pemeriksaan, asesmen, intervensi, dan evaluasi fisioterapi. Mahasiswa berlatih teknik manual therapy, exercise therapy, elektroterapi, serta pendekatan klinis lainnya secara bertahap dan terstandar.
3. Tutorial dan Evaluasi
   Metode tutorial berbasis kasus (case-based learning) digunakan untuk melatih High Order Thinking Skills (HOTS), kemampuan clinical reasoning, pengambilan keputusan klinis, serta komunikasi profesional. Evaluasi dilakukan secara berkala melalui ujian tulis, OSCE, refleksi, dan penilaian performa praktik.
4. Kuliah Pakar & Narasumber
   Untuk memperkaya wawasan, mahasiswa mengikuti kuliah dari pakar nasional maupun praktisi profesional di bidang ortopedi, neurologi, pediatri, kardiovaskular, komunitas, dan rehabilitasi regeneratif. Hal ini memperluas perspektif mahasiswa terhadap perkembangan ilmu dan praktik fisioterapi terkini.